定期監査（地方自治法第199条第1項、第4項）
市のお金や財産が法令に基づき適正に使われ、管理されているかどうか、また、事務や事業が合理的・効率的に行われているかどうか、といった観点から、市の各課や支所、教育委員会などの各行政委員会、阿蘇医療センター、水道局などの公営企業の施設などを対象として、毎会計年度少なくとも1回以上、期日を定めて監査するものです。
阿蘇市では、監査計画に基づき、定期的に全ての課を対象として行います。
行政監査（地方自治法第199条第2項）
監査委員が必要があると認めるとき、市の事務執行が法令に基づいて適正に、かつ合理的・能率的に行われているかどうか、といった観点から監査します。平成3年度の地方自治法の改正により新たに加えられたものです。
随時監査（地方自治法第199条第5項）
定期監査の他に監査委員が必要と認めるときは、いつでも市のお金や財産が正しく使われているかどうか、などについて監査を行うことができます。